В 1987 году началась палестинская "интифадa", которая продолжалась шесть лет. Это произошло независимо от Ясира Арафата и ООП. Верхушка движения освобождения Палестины находилась в Тунисе. Интифада, в самом деле, нанесла Израилю гораздо больший ущерб, чем все предыдущие годы открытого военного противостояния и терактов. Она вызвал раскол внутри Израиля. К войне с детьми армия действительно оказалась не готова. 15 ноября 1988 было провозглашено "Государство Палестина", а 2 апреля 1989 Генеральным Советом Палестинского Национального Совета Арафат был избран президентом несуществующего палестинского государства.
Арафат к тому времени уже не был самым лютым врагом Израиля. По сравнению с фундаменталистами (Хамас, Хизбалла, Исламский Джихад) "светский" Арафат выглядел в глазах израильтян предпочтительней.
В 1988 году он признал право Израиля на существование, которое прежде категорически отвергалось палестинскими политическими лидерами. Этот шаг открыл возможность достижения мирного соглашения между палестинскими арабами и израильтянами. 13 сентября 1993 в Вашингтоне Арафат подписал Декларацию Принципов с Израильским Премьер-министром Иицхаком Рабином, что стало окончанием Интифады и началом мирного процесса. В 1993 Арафат объявил о признании права на существование Израильского государства, чем открыл возможность введения самоуправления в Секторе Газы и на Западном берегу реки Иордан. Создание самоуправления началось в июле 1994, после того, как 4 мая Арафат подписал Каирское соглашение с Рабином. В июле 1994 Арафат впервые после 27 лет изгнания получил возможность прибыть в Палестину (в Сектор Газы). В 1994 Президент Арафат был предоставлен к Нобелевской премии мира, которую получил совместно с И. Рабином и Ш. Пересом. 20 января 1996 года Арафат был избран Президентом Палестинской автономии, набрав 83% ( свыше 88%) голосов.
Долгое время события развивались достаточно спокойно, но конец 2001 принес новое обострение палестино-израильского конфликта. Все попытки мирного урегулирования закончились ничем. Палестинские террористы-камикадзе взрывают израилитян, израилмтяне убивают палестинцев. 28-29 марта 2002 израильские танки начали штурм резиденции Ясира Арафата в Рамалле, где лидер Палестинской Автономии изолирован с 3 декабря 2001.
