Шесть лет спустя отец, женившись вторично, а потом и в третий раз, вызвал братьев к себе в Каир. Во время второй мировой войны столица Египта напоминала бурлящий котел, в котором кипели политические страсти, сталкивались различные мировоззрения и взгляды. В те годы основными тенденциями, повлиявшими на жизненную позицию Арафата, были арабский патриотизм и национализм.
Эти два фактора наложились на уверенность будущего палестинского лидера в том, что важнейший залог успеха на политическом, да и любом другом поприще - хорошее образование. Когда пришло время, Арафат подал заявление в Техасский университет на инженерный факультет, но государственный департамент США отказал ему в визе.
К тому времени он уже был замечен как участник борьбы между палестинцами и созданным государством Израиль. Поэтому он поступил в Каирский университет. Он учился на техническом факультете университета. В 1948 году, когда началась первая арабо-израильская война, он оставил занятия и отправился сражаться против израильтян. После жестокого поражения в той войне он ненадолго перебирается в сектор Газа, который оказался в руках Египта. В 1950 году возвращается в Каир, чтобы продолжить учебу на инженерном факультете. Здесь встречает своих будущих соратников по борьбе, вместе с ними участвует в операциях против англичан.
По свидетельству однокашников, Арафат очень болезненно воспринял поражение арабов в войне с Израилем. В студенческих спорах он называл ошибкой отказ арабских стран от раздела Палестины в соответствии с резолюцией Генеральной Ассамблеи ООН. Судя по всему, именно тогда у него зародилась мысль о том, что палестинцы должны сами позаботиться о своей судьбе, а не ждать, когда за них это сделают "братья арабы". Однако в основном он занимался созданием палестинской студенческой организации, которая должна была стать основной для создания группы сопротивления. Эта организация студентов должна была не только принимать участие в политической жизни, не только выражать свою волю и свои взгляды на демонстрациях - Арафат придал ей еще и военное направление. "Они понимают только язык силы!" - такой лозунг выдвинул тогда Арафат, подрузомевая Израиль. Арафат стал президентом палестинского союза студентов и оставался им до 1956года. Его заместителем становится Абу Аяд, который впоследствии стал одним из важнейших сотрудников Арафата. В досье тайной полиции Египта Арафат фигурирует с тех пор как опасная личность. Арафата подозревают в связи с коммунистами. Судя по тому, что его учеба продолжалась восемь лет (вместо трех), можно с уверенностью сказать, что на первом плане были дела союза.
